直接清洗通常是指工件在裝滿清洗液的清洗槽內清洗，工件通常裝在帶孔的托盤或工裝籃內。直接清洗的局限性是需要選擇那些不會損傷超聲波清洗槽的清洗液。間接清洗則是將待清洗的工件放在燒杯或不帶孔的托盤內，燒杯或托盤內裝有溶液，而不是直接裝在清洗槽內。當選擇間接清洗時，確認槽內的水位被保持在標準位置（大概離槽頂 1" ）。